こんにちは＾＾

文章の内容が今一分からないので
もっと詳しく書かれたほうがどうゆう状況かわかりやすいでしょう！
一応、書かれている手順でやったみましたが
普通に出来ました...
何か効果が掛かってるって事は無いでしょうか？

気になったので...

>ペンツールで書いた直線を変形→回転で角度を入れるとクリックす
>ると線にならないで消えてしまうのですが・・・
↑
線の塗りは、入ってますか？


>最初からダブルクリックで線にしておくと角度を入れると曲線にな
>ってしまうし・・・どうすればいいのでしょうか？
↑
ペンツール・直線ツールで書いた直線でしたら、その時点で線ですが...
試してみたのですが、横に直線を書いてワープ効果（旗だったかな）をかけてみると横の直線に見えます回転すると曲線になりますねぇ。

どうでしょうか？

早く原因が分かるといいですね！