用語に若干の混乱が有るみたいですが、要するにツールパレットのツールが、本来の機能を発揮しない、と言うことでしょうか？
これも原因・対策は判らないのですが、やはり、

FAQの「パフォーマンス→ツールボックスやパレットが 一部しか表示されない」の対処方、「干渉設定ファイルの削除」で解決するかも知れません。

取りあえず試して下さい。

早速のご返答ありがとうございました。
まさに混乱状態で書き込んだので意味不明の文章お許しください。

あれから試行錯誤してようやく原因がわかりました。
[アピアランス]にパレットに"ジグザグ"という項目が追加されていました。

というのも、別の図形にジグザグフィルタを適用しており、
その図形の色だけをコピーするつもりで、スポイトツールを使用したところ
アピアランス情報までコピーされていました。
スポイトは色だけでなく、線手や文字属性までコピーするのですね。
またひとつ勉強になりました。

お騒がせしました。
また何かありましたらよろしくお願いいたします。

スポイトで色だけをとるときは、「シフトキーを押しながら
スポイト」でございますな。アピアランスだけでなくグラデーション
でもシフトキーを使って、単色かグラデーションのどちらをスポイトするか切れ変えたりします。
ふらさんはご自身で「Illustrator ９使用の初心者です」と書かれていますが、アピアランスに着目するあたりとてもするどいですよ(^^)