aiからjpg

> 正しく42mmx42mm＝４つ
> 上に余白が出来て47.2mmx42mm＝３つ

サイズは何のアプリケーションで確認されたのでしょう。
Photoshopをお使いなら画像サイズの変更で42mmx42mmに直されるだけで良いと思いますが。
余白が大きくなった原因は、クリッピングマスクを使用されているのでは？
とか思います。（クリッピングマスクからはみ出たイラスト部分も含めて
画像になってしまったのでは？）

JPG書出ではなくPSDに書き出せば余分な部分は透明になりますよ。
PSDに書き出せば、色彩補正やjpg再保存による画像劣化も抑えられますので
良いと思います。
原画としてのPSD画像も大切ですよ。
だので、いきなりjpg書出することは私はしませんです。

せっかくアドバイスいただいたのに、お返事遅れてしまって申し訳ありません。
ご指摘のクリッピングマスクをうたがって探っていたら
一部「ガウス」が設定されているオブジェクトがあって
それを隠したらきれいな正方形になりました。
重要なパーツではなかったのでこれを普通の塗りに変えて
解決しました。
大変助かりました。
ありがとうございます。