レイヤーごと縮小

要するに「同時選択」の問題でしょうね。
オブジェクトが重なっている場合、クリックだけでは最前面のオブジェクトだけが選択されます。

ドラッグで囲んで選択するとか、
「Ctrl+Alt+〔」で、背面オブジェクトを選択した後、「Shitキー」を押しながらクリックして、同時選択をするとか、
状況に応じて、選択をすれば良い訳です。

こんにちは。
初歩的質問にお答えいただきありがとうございました。
なんとか、縮小することができました。

これに関連して、前面にペーストするとサブレイヤーが
できてしまうのは、なにか手順がまちがっているのでしょうか？

それから、また別の件ですが、飛行機の窓のように□□□と
どういつのオブジェクトをたとえば2mmの幅で並べたいときは
どのようにしたらよいですか、水平方向はウインドゥ→整序で
することができたのですが？

>サブレイヤー………、

仕様です。


>□□□………、

これは「オブジェクトの変形（移動、回転、拡大・縮小など）」と「変形の繰り返し」に分けて考えた方が良いでしょう。

移動で例にとれば………、

1、□を作成、選択状態のまま
2、「選択ツール」をＷクリック、表示されるダイアログで数値入力、コピー。

これで□がコピーされる。
選択状態のまま、
「オブジェクト→変形→変形の繰り返し」

※ショートカット
1、オブジェクトのコピーは、Altキーを押しながらオブジェクトをドラッグ（Shiftキー併用で、水平・垂直・45度に移動）。
2、変形の繰り返しは、「Ctrl+D」

どちらも頻繁に使うショートカットなので、必ず覚えておく必要が有ります。

http://Illustrator-ok.com/illustrator_koza/illustrator_tutorial/tutorial_clock/clock_4.htm
この辺参照。

ありがとうございます。
移動、変形でたしかにイメージする動きはできたのですが、
最初に作った□が動いていくので□□□として残っていかない
のはなにかの操作が抜けているのでしょうか？

>最初に作った□が動いていくので□□□として残っていかないのはなにかの操作が抜けているのでしょうか？

「移動」になっていたからです。
「コピー」にしてください。