MACとWinの互換

MACのフォトショップで加工した画像（背景：透明）PSDデータを
Windows版のIllustratorで画像を配置しました。
その後、PDFに保存し、PDFを印刷すると、
画面上では、ぜんぜん問題ないのに、実際の出力となると
色のムラがあることが判明。
これは、データの互換上発生した問題でしょうか？