illustratorのeps解析は万能ではありません。
epsならなんでも開くわけではありません。
illustratorEPSと汎用EPSでは
基本となるPostScript言語は同じでも中身は微妙に違います。
サイズが大きすぎる、パスが複雑すぎる、頂点の数が多すぎる
といったことでもエラーが起こります。
どうしてもイラストレーターで編集したいなら
元アプリケーションでバラしてサイズを小さくして保存し、
イラストレータ上で結合するなどの工夫も必要です。

3DCADなら
http://www.adobe.com/jp/products/acrobat3d/
のような製品を経由するのも一つの手段です。

配置、ではなく開くのメニューで直接開いてみては。

CAD Toolsのような縮尺系のプラグイン入れてませんか？
もし、入っていたら一旦外してみることをお勧めします。

あとは、ありがちですがCADのほうでDXFまたはPDFにしたものを開くとか。ちなみに、PDFにできるんであればDXFよりきれいにパスになります。（特に円とか）

どうもありがとうございます。ちょっと質問なんですが、サイズを小さくするというのは、容量を小さくして軽い状態で保存をするという事ですか？　簡単な事なんですが、よろしくどうぞ。

コメントをいただき、ありがとうございます。とても参考になります。CADではEPSだと縮尺通りに開くのでどうしてもEPSでなんとか開きたいんです。ただ、イラチさんがおっしゃった「CAD Toolsのような縮尺系のプラグイン」を外すというのは、どういう事なんですか？

ちょっとわからなかったので。申し訳ありません。
よろしくおねがいします。

蛇足だったらすいません。
CAD Toolsはその名のとおりイラストレーターをCADのように出来るプラグインソフトです。
レイヤーごとに縮尺を設定したり、手軽に寸法線ができたりします。
ただし、処理が重くなるため、建築系の平面図のようなデータを取り込むとエライ事になります。

ところで、使われているCADソフトはなんでしょうか？
それによって対策もちがってくるかも。

どうもです。そのようなソフトがあるんですね。はずかしながら知りませんでした。ありがとうございます。

これはちょっと控えた方が良いんですかね？

使っているソフトはvectorworks８です。ちょっとふるいのですが。イラストレーターは９を使っています。

よろしくおねがいします。

>>どうもありがとうございます。ちょっと質問なんですが、サイズを小さくするというのは、容量を小さくして軽い状態で保存をするという事ですか？　簡単な事なんですが、よろしくどうぞ。

いきなり完全な答えを求められてもこちらでは、わかりかねます。
どんなデータを開こうとしているのかもわからないので推測で書いてますから。
○○してみたがダメだったとか、まず自分でいろいろ試してから質問して欲しいです。