ご教授ください

>効果の殆どが選択できない状態です。

とは、どんな状況なんでしょうか。
Illustratorの通常のパスなら特に問題なく「効果」は適用される筈ですが。

簡単なパス（例えば、長方形など)を描き、効果メニューを設定してみてください。
その際、
1、メニュー項目は表示されるが、薄いグレー表示で選択出来ない。
2、メニュー項目そのものが表示されない。

どちらでしょうか。
若し、メニュー項目が表示されない場合、そもそも効果のプラグインがインストールされていないのかも知れません。
正規版であれば、IllustratorのCD-ROMからコピペなどでインストールできます。

CMYK書類だと選べるコマンドはもともと少ないはずですけど，そういうことでなく？
（失礼にあたったらどうぞご容赦を）