プラグインフォルダ内のファイルを捨てるとか，環境設定で空のフォルダを割り当てるとか，他にもあるかもしれませんが，そんなことしたらいろいろと支障が出る思うんですけど。

プラグインフォルダ内のファイルをどこか別のフォルダに移動させる分には、あまり支障は無いと思います。
どう考えても不要なファイルから試してみてください。
その後、動作が不安定になったら元の場所へ戻してください。


フォルダ
C:\Program Files\Adobe\Adobe Illustrator CS2\プラグイン

> 起動時にプラグインを読み込んでるようなのですがこれを読み来ないように起動

起動時間を短縮したいという意図でしょうか？
それであればWindows起動時に一緒に起動させてしまうのも手です。
（2回目以降の起動は早いので）
プラグインを絞るのならフォントも並行してやるべきかも。

Photoshopだと驚速で起動が速くなります、というか挙動が面白いです。
Illustratorでも効くようになるといいのですが。
Vistaではそのあたりの技術も進むかもしれない、と期待しています。