>印刷も左上にくるように設定するにはどうしたらいいでしょうか

Illustratorだけの問題ですか。
他のアプリからの印刷が正常で、Illustratorだけが、と言うことならIllustrator側からの原因が疑われますが、Illustratorの画面では正常だと言うことなので………。

他のアプリでも同じ状況なら、プリンタ側の設定とかが疑われます。
私が使っているCanonのBJプリンタは、最初の設定のとき、「位置合わせ」と言うことをした記憶が有ります。

その辺、もう少し絞り込んでみた方がいいでしょう。