再現・確認していませんが、

「………Adobe Illustrator CS2\プラグイン\機能拡張」の中に[キーボードショートカット・aip]と言うファイル（プラグイン）が有ります。
この辺に格納されているんじゃないでしょうか。

試して見て下さい。

Mac版ですが
ユーザー名／ライブラリ／Preferences／Adobe Illustrator CS2 設定／
にショートカットキー名.kysでカスタマイズしたショートカットキーの設定ファイルがありました。
Win版でも同じ拡張子で設定ファイルがあるんじゃないでしょうか。
間違っていたらスイマセン。

WinXP＋いられ10ですが、
CR-Xさんが書かれているように、
"保存"をすると、kysという拡張子のファイルに書き出されます。
保存先は
C:\Documents and Settings\[ユーザ名]\Application Data\Adobe\Adobe Illustrator 10
でした。
この内容は"現場の必須テクニック～ILLUSTRATOR10の仕事術"にも記載してありあましたが確認しましたところ、読み込み的なボタンがなかったので、探していたら、コンボボックス(でしたっけ？)で選択できました。
なお、保存したのは"111"という名前で、エクスプローラ上で、コピーしたところ、いられでも表示されましたので、このフォルダに保存し、読み込みをすればいいことがわかりました。

といっても、いられ10でなんですが・・・