マスク部分の削除

ほとんど素人なのですが、Illustratorがほんの少々使えるばかりに、仕事で小規模なチラシに入れる地図を作らされました。
トレースして作った地図をマスキングしたものを元々あったチラシのデータに配置して、その仕事自体は特に問題なく終えることができたんですが、わからない事があったので、もしよろしければ後学のためにお教えいただけたらと書き込みました。
わからなかったこととは、マスキングしたオブジェクトの整列です。マスクして隠した部分も、オブジェクトの一部として認識されていて、例えば左揃えとかしても、見えている部分ではなくて、マスキングされている部分の左端が揃ってしまいます。見えている部分だけを整列する方法はあるのでしょうか？あるのでしたら、どうやればできるんでしょうか？
用語とかまったく知らないので、解りづらいかもしれませんが、よろしくお願いします。

デザイン事務所とかではないので、IllustratorはWindows版8（古っ^^;）、WindowsはXPプロです。