MacOS10.3.9、IllustratorCS2を使っている初級者です。

イラストのpsdリンク画像があるファイルで、気がつかないうちに画像が段に分かれていることがあります。
モノクロの場合２段、カラーだと９段に分かれて、勝手にグループ化されています。

アウトラインモードでしかわからないので、いつ、どうしてこんな状態になってしまうのかわかりません。
aiで作成し、epsで入稿することが多いのですが、このために
おきる現象なのでしょうか。
このままの状態で入稿して、大きな問題になりますか？