カラー設定が同一になっているか（Bridgeがあるのであれば
同期されているのかどうか）を確認してみてください。

また、他のファイル形式ではどうでしょうか。
なお、クリッピングパスなどを使用している場合はパスの
精度により境界線が出てしまう場合もないとは言い切れません。

あさうす様

ご指導ありがとうございました。
設定を確認しました。共にCMYKはJapan color 2001 coatedになっています。
epsもjpgでも埋め込み色を見たところC=100など切りの良い数値は同じになりますが、適当に40,30,20,10のベタを埋め込み確認すると40,29.8,20,9.8と微妙に異なります。

この微妙な差は印刷時に問題なく気にしなくて良い範囲なのでしょうか？
出来ればバチッと同じ数値の方が安心でして・・・

同一数値の画像を使って確認したところ、確かにずれますね。
（Bridgeで同期し、EPS-Binary/PSD・ともにプロファイル
　埋め込み有無両方で確認。ただしWindows版）

CS2（とCS3）の不具合というか、カラーピッカーで画像上の
色をピックアップした場合に起きる問題ではないかと。
PDFで保存し、Acrobatの出力プレビュー上では正確な数値に
なったので、最終はそちらでの確認が良いと思います。