整列パレットの件

基本的には働くはずです。

選択ツール（黒矢印）でなくダイレクト選択ツール（白矢印）で選択していませんか？
例えば全体を大きくグループ化していて、ダイレクト選択ツールでグループ内の個々の
グループを選択して「整列」をしようとした場合は働きません。

とりあえず「変形」パレットで個々のオブジェクトの座標の数字を揃えて移動するという
方法があります。

或いは個別のオブジェクトにロックが掛かっていることがあります。
「整列」など、何か操作をする前に、念のため「Ctrl+Alt+2」でオブジェクトのロックをはずしておきましょう。