追記：
MAC、WINどちらのプラットホームでも上記現象は発生します。

以下の画像のような感じになります。

何の解決にもならないかもしれませんが、
CS3（Mac）ではこの問題は起こりませんでした。

CS3初心者さん
検証ありがとうございます。

現在私の所の環境でも
win、mac両方CS3ではこの問題は起きてません

んー、こんな事が仕様とも思えませんし
やはり私のCS、CS2の設定がおかしいのかな？

他の方はどうなんでしょうか？

CS2で今試してみましたところkuwさんと同じようになりました。
バウンディングボックスのハンドルを下に引っ張ると文字は変倍された形で表示されます。
テキストボックスの縦横の比率は崩れますが。

CS（Mac）でやってみましたが同様になりました。

ｍｄさん
匿名2008さん
検証ありがとうございます。

その後設定の問題かと思って色々いじってみたのですが、
どうもソフトの不具合っぽい匂いがしてきました。

ＣＳではテキストボックス使わなくても変倍時、
縦中横の前後の空きがズレるようです。

ＣＳ２ではテキストボックスを使用しないで
段落が上揃えであれば変倍時ズレませんが、
下揃えを使っているとテキストボックスを
使用していなくても変倍時ズレてしまいます。
（いずれも縦中横使用時）

ＣＳ３でこの問題は起りません。

ガッカリ。。。

これ，kuwさんのおっしゃるようにソフトの不具合じゃないかと思います。
（以前，話題になった気がしたんですけど見つかりませんでした）

CS2（Mac）でいろいろやってみましたが，平体かけちゃいけないみたいですねぇ。
たとえば100Ｑで25％の平体がかかっているとすると，
縦中横がある行の行長は１文字の75％分（＝75Ｑ）だけ勝手に短くなるようです。

なので，下インデントで75Ｈ増やして調節するとか，
縦中横の部分（あるいは全体）を25Ｑの長体400％にするとかしないとダメみたい。

かたやなぎさん
詳しい検証ありがとうございます。

縦中横の平体や長体時に問題が起るみたいですね。

ちなみにイラレＣＳ、ＣＳ２で作った縦中横の変倍データを
ＣＳ３で開いて、文字をクリックした瞬間に文字崩れが直ります。

これって、ＣＳ、ＣＳ２で縦中横で変倍をかけるなって事に近い気が…

ＣＳ３を使ってる方でも、ＣＳやＣＳ２の縦中横データには注意が必要ですね。
クリックや移動するだけで文字組み内容が変化しますから。。。

Adobeの方に直接この問題を聞いたのですが、
サポートデータベースには載せていないが、問題は認識している。
との事です。
今後のソフト開発に力を入れたい為、
この不具合を修正する予定は全くありません。
ＣＳ、ＣＳ２の修正パッチは期待しないで下さい。
と言われてしまいました。

というか、Adobeの回答って
いつも同じですよね。

この問題もそうですが、前にここに書かれてた
「TABを含む文章を変倍した時に起きる問題」等も、
該当バージョンでの不具合修正が無いなんて、
正直Adobeクラスの市販アプリケーションとしては
考えられないと思います。
縦組みで「0000年00月00日」やTABなんて使う人は結構いるんじゃないでしょうか。

Illustratorは長い事ライバルソフトがほぼ居ない独占状態なので
数年前から新機能ばかりに気が行き、足元(従来機能)がおろそかになり
今回の不具合に繋がっている気がします。
(逆にライバルの居るPhotoshop等はもう少し修正が行われている印象。)

該当バージョンで不具合を直して欲しいというのは
Adobeに多くを望み過ぎた事なのでしょうか。