XとYの起点

> それが変形ボックスから見当たらなくなりました。

変形パレットのことですよね？　パレットそのものが表示できないの？　それともパレット内が空白なの？　もし変形メニューがウインドウメニューから無くなっていたり、またパレットメニュー内が空白なら、Illustratorのトラブルです。
詳しい状況が分からないと適切なレスも付きがたい。

状況をちゃんとお伝えできなくてすみません。
変形パレット内の左上のにある、選択したオブジェクトの右端か左端を
選ぶところ（四角の）が表示されたり表示されなかったりする現象がおこるのです。

おそらく環境設定ファイルのトラブルではないでしょうか。
アプリの再インストをする前に上記ファイルの更新をためしてみては？
バージョンだけでプラットフォームも不明なので、Adobeのサポセンで（リンク先）でググってください。
それでも改善しなければIllustratorの再インスト。ただし上記の更新をせずにIllustratorだけ再インストしても回復しないことがあるので、上記の更新は必ずやってください。

> Adobeのサポセンで（リンク先）でググってください。
ググる？

以前同じ症状が出たとき環境設定ファイルを捨てて直った事がありました。