「Web用に保存」する時のスペースについて

四角の縦横サイズがピクセル単位でカンマ以下の端数のない数値になっていて、
なおかつ、配置されている座標の数値もピクセル単位で端数なしになっている必要があります。

「環境設定」で「単位」の「一般」をピクセルにして、変形パレットでサイズと座標を確認してみてください。

ただ、ここでふつう表示されるのは枠線なしのサイズと座標です。なので、線の幅も考慮して適宜調節してください。
たとえば枠線の幅が1ピクセル（または1ポイント）なら、0.5ずつ右方向と下方向にずらす必要があるということです。
同じ色なら、そもそも枠線はなくてもいいかもしれません。