Win版のS2/CS3で試してみましたが、確かに仰ることが発生します。

厳密に起きるタイミングとしては、スウォッチオプションの
「グローバル」のチェックOFF、またはそれと同等の状況
（スウォッチ削除）が起きた場合になっていて、その際に、
元のスウォッチのカラー（CMYK値）に戻っているようです。
なのでその時点で色自体が変わってしまっていますし、
カラーパレットの色情報とも異なっている、おかしな状態に
なっています。

仰るとおり、アウトライン等の図形にしておくか、もしくは
グローバルスウォッチのまま削除しないかの、いずれかしか
回避方法はないかもしれません。

CS2で確認しました。

プロセスで出力するのが前提ならば、
最初からプロセスカラーでデータ作成すれば良いのだと思います。
その際、「グローバルプロセスカラー」にしておけば良いのでは。
つまり、最初は見た目特色の色設定をしておいて、
後から1版だけ使う色に変えれば。
要はスウォッチを削除することが問題のようなので。
また、フィルタ＞カラー＞「CMYKに変換」すると希望の色に変わるようでもあります。
※CS3（以降）ではこの機能のメニュー位置が変わっています
編集＞カラーを編集＞CMYKに変換です。

ところでCS3とのことですが、例えば「ライブカラー」機能で
色を変えた場合も同様なのでしょうか？
編集＞カラーを編集＞オブジェクトを再配色←これがライブカラー機能

ありがとうございました。
「グローバルスウォッチのまま削除しない」がいいようですね。
「ライブカラー」機能でも同じことができましたが、選択しないといけないので選択箇所が多い場合、ロック解除とかちょっと確認が手間かな？