スキャナした画像の透過処理

はじめまして。ウィンドウズでイラレCS4を使用しています。
最近イラストなどの比較的複雑な絵をスキャナしてイラレに取り込んで編集しましたが絵のバックの画用紙等の色が消えません。アドビフォトショップの選択ツールで範囲指定して残りの部分をカットしてもイラレにコピペするとどうしてもバックの色が透明になりません。何か良い方法があれば教えてください。