すでに解決していることと思いますが一応（初投稿です）。
アクションでカラーモードの変更を追加するには、
1. アクションのメニューの「メニュー項目を挿入」を選ぶ
2.「ファイル」から「ドキュメントのカラーモード」-「CMYK」を選ぶ
するとアクションに「ドキュメントのカラーモード:CMYK」が追加されます。
これを使ってバッチを組めば楽勝でしょう。