CMYKのPDFをイラレで開くと勝手にRGBにかわる
ということでしたら、kuma705さんの確認と同じで、
保存時の設定について確認が必要です。
今回の場合気になるのは、元PDFの生成方式と保存状態です。
Illustratorは万能PDF編集ソフトではないので、
素性不明なPDFを編集する場合、個人的には何が起きても
おかしくないことを踏まえて対応します。
また保存時には元のPDF情報は一切残らないことを前提にして
保存を行う必要があると考えます。
今回の質問である「勝手に変換される場合があるか」というと、
主に開くときと保存する時に幾らでもありうる、と思います。
再現性も重要ですよね。
開くときに1回だけRGBになっていたんだと、そのときIllustrator側で動作がおかしくなっていたりとかも、有りかも…
ワタシもPDFをIllustratorで扱うのに関しては、
同意見です。
PDFで保存するのは、必要なときだけ
PDFを開いて、再編集は基本しません。
基本はai保存で、書き出しのイメージでPDF保存です。
#とは言っても、巷ではPDF入稿とか流行ってますが…
#幸い取引先サンはai入稿でOKなんで。