IllustratorCS2入稿データをCC／CS6で開くと色が変わる？

問題がある可能性はどちら側にもありうるので申しませんが…
双方のカラー設定に食い違いがあり、またカラーマネジメントポリシーの運用にミスがある、と言えると思います。

編集＞カラー設定でカラーマネジメントポリシーのCMYKが「作業用スペースに変換」になっていないでしょうか。これを選択していると、先方の埋め込みプロファイルと違う場合に、見た目の色を合わせるためにカラー値（CMYK値）が変更されます。
「作業用スペースに変換」以外のどれかを選ぶのですが、どれを選ぶのかは御社の仕事のやりかたによります。

ご回答ありがとうございます。

編集＞カラー設定でカラーマネジメントポリシーのCMYKは「カラー値を保持（リンクされたプロファイルを無視）」でした。双方のカラー設定は同じです。

このクライアントには今後デザインカンプを添付してもらい、場合によってはこちらCMYK値を設定する方向で一旦終わり、根本的な解決には至りませんでした。原因は不明のままです。

またこのような事があれば書き込みさせていただきます。

CS2でデータを作成した時、RGBモードで作成し始めて、途中でCMYKモードに変更していませんか？
新規作成時のプロファイル（CMYKもしくはRGB）によって、K100で設定されたカラーの数値が変わってくる事があります。