画像配置について

画像配置についての質問なのですが同じフォトショップでCMYKでEPS形式で保存した画像にもかかわらずイラストレーターで画像配置（リンク方式）すると
画像が荒く表示されるモノと画像が表示されなく四角いサイズの表示？だけのものに分かれることがあります。
仕方なく埋め込み方式で作業していますが実際のところはリンク方式での配置が自分的にもデータ入稿するにも最適だと思います。
このように画像によって表示されたりされなかったりするのはなぜなんでしょうか？
ちなみにイラストレーターは9.0.2です。
どなたか原因がわかる方ご教授お願いします。