基本的に「フィルタ」はその効果を消去出来ません。
ドキュメントが開いている間は「編集→取り消し」が効きますが、いったん閉じて開きなおしたファイルには、それも適用できませんね。

「フィルタ」は、オブジェクトを実際に変形させます。
「変形ツール」や「拡大・縮小ツール」を適用した場合も、その効果を消去出来ませんが、それと同じことです。

それに対し「効果」の各種メニューは、オブジェクトそのものを変形させること無く、見え方だけを変形させる、と言う（訳の分からない）機能で、こちらはアピアランスパレットで、当該効果を消去することが出来ます。
ただ残念ながら「効果」にはインクペンが有りませんね。

フィルタで、元に戻す必要が有りそうなときは、そのオブジェクトのコピーをとっておき、専用レイヤーにでも別保存しておいた方が良いでしょう。