バージョンによっていろいろあるようですが、
WinXP + Illustrator10 + Excel97 SP2 において、

Illustrator で図形を選択・コピー後、
Excelで「形式を指定して貼り付け」で「図（エンハンスト メタファイル）」
を選ぶとベクタ形式で貼り付けられ、オブジェクトの無い部分は透過になります。

が、オートシェイプとしては編集できません。
編集したい場合は上記と逆にExcel側でコピーし、Illustratorに貼り付けて編集後、もう一度Excelに貼り付けなおすとうまくいきます。


思うに、ExcelではクリップアートとEMFとオートシェイプはまったく別の物として扱われているのではないでしょうか。

> wmf形式で出力すると絵(ラスタ）として出てしまいます。

イラストレータは画像を配置すると自分で解釈できるデータは何でも内部に
取り込んでしまいますが（それゆえDTPでは最も便利に使われるのでしょうが）
通常のソフトはエクセルと同じように「画像ボックス」のような形でデータを
扱うのが普通なんじゃないかと思います。
WMFを挿入して拡大してもベクタですからきれいに拡大されます。

私なら文字と目印部分以外をイラストレータで作っておきエクセルに挿入して、
文字と目印部分をエクセルで付け加え全体をグループ化する方法をとります。