埋め込みとリンクについて

よく本等で、埋め込み画像とリンク画像の説明がしてあって、内容は理解できるのですが、実際に出力した際に違いが出るのでしょうか？よく印刷所に出す場合にはリンク設定にして下さいと出ているような気がします。しかし、画像をクリッピングパスなどで設定し、EPS形式で保存している画像をIllustで配置しようとすると、文字の回りこみなどができません。しかし埋め込みにするとできます。このような場合は、この部分のみ埋め込みで印刷所に出すのでしょうか？基本的な質問ですみません。宜しくお願いします。(※:WindowsXP/illust10を使用しています。）