Adobeのソリューションデータベース
http://faqdb.adobe.co.jp/search2/cbswebgw.exe
を開き、検索ボックスに、そのまま「PDFファイル形式に問題があります」とコピー&ペーストし、検索すれば、トップに出てきます。
取りあえずこの辺を参考にして頂けると良いと思います。

しかし、検索してみれば分かりますが、この回答を含め300件の回答例が出てきます。

「PDFファイル形式に問題があります」と合わせ多いのが、「イラストレーションは不当なオペランドを含みます」系のエラーメッセージです。
幸いに、私はあまり遭遇していませんが………。

Illustratorのスクリプトも理解出来ない私には、詳しいことは分からないのですが、要するに、色々なバグの総称なんでしょうね。

そもそもこれだけ肥大化したアプリケーションのバグを、ゼロにすることは、今の所出来ません。
OSとの関係、他のアプリとの関係、ハードとの関係、操作との関係などその組み合わせは天文学的なものになります。その全てを想定してシステム開発は出来ません。
この辺の事情は、
http://www3.justnet.ne.jp/~yoshida-phil-sci/
を開き、「技術情報/反抗するコンピュータ/プログラムのバグ」に詳細に記載されています。

しかし、全てに対処できないまでも、取りあえずインストールして通常考えられる状態での使用には差し支えない程度には、対処されていると考えて差し支えないと思います。

従って、私がいつも言っているように、「何らかの訳の分からないトラブルの原因を探すより、最初の綺麗な状態に戻す方が手っ取り早い」と言うことです。
それは、トラブルの深刻さの状況に応じて「再起動」「アプリの再インストール」「OSの再インストール」とそれぞれ対処法も違って来ますが、何らかの深刻なトラブルがおきた場合、取りあえずそのことを解決したとしても、往々にしてその後色々なトラブルが続くものです。

最初に記載した、Adobeソリューションデータベースでの解決が図られれば良いのですが、やはり上記のことも視野に入れておいた方が良いと思います。

今回の問題が、それ程深刻な問題であるとは思いませんが、はるひさ さんの書き込みに便乗して少し一般的なことを書いてしまいました。