>Winのイラレ10を使用しています。
>Adobe Illustrator 1.0/1.1 形式で保存しています。旧バージョンの形式でファイルを保存すると、書類を開く時に編集機能の一部使用できなくなる可能性があります。」

MacのIllustrator10で保存できる旧バージョンの最下位は3.0/3.2ですが…？
10のバージョンで別名保存すれば問題ないのではないでしょうか？

トラブルの質問の場合、現象の説明だけでは原因や対処法がわかるはずがありません。
119番に電話しても、場所を言わなければ救急車や消防車は来れません(^^;)

昨日から何かパソコンにソフトのインストールや設定変更をしなかったか、
Windowsであればファイルを破壊するタイプのウィルスに感染していないか、
心当たりが無ければAdobeOnlineの設定はどうなっているのか、
そもそもOSは98か2000かXPか書いていないのですが、もしXPであればシステムの
復元を使っても元に戻らないのか、
他にもファイルの開き方、大丈夫orダメなファイルのそれぞれの保存場所、等々。
いろいろな情報があってはじめて推測ができます。

もっとも情報があっても掲示板では正しい対処法がわかるとは限りません。
「この書類を、Adobe Illustrator 1.0/1.1 形式で保存しています。～」という誰も
見たことの無いようななダイアログが出てくるなら、相談すべき先はまずアドビの
サポートでしょう。

イラストのカット集だとたまに
Illustrator 1.0/1.1 形式で保存してあるのがありますね。
8.0を使用していてそのまま保存すればアラートが出てくるでしょうけれど
1.0/1.1 形式で保存できちゃうかも…　確認してませんが…

この問題に似た例での話ですが、以前私が説明したマイナーバージョンの互換性問題が考えられます。

今日、改めて検証したところ、

「この書類を、Adobe Illustrator 1.0/1.1 形式で保存しています。旧バージョンの形式でファイルを保存すると、書類を開く時に編集機能の一部使用できなくなる可能性があります。」

というメッセージが出てきました。

このメッセージが出たら、「いいえ」のボタンを押して、編集したファイルを保存せずに閉じる必要があります。
そうしないとファイルに問題が発生します。

次に再度このファイルを開き、一切編集せずに、別名で保存します。
この別名で保存したファイルを利用します。

この問題の厄介なところは、ファイルからマイナーバージョンが確認できず、ファイルを開くまでわからない点です。

これを回避するため、編集したときの illustrator のバージョンをファイル名に記入するようにします。

例) sample(2004 06 23 Ver10.00).ai

この例では、バージョンが10.00 です。
もし、illustrator のバージョンが10.03 なら、ファイルを開かなくても、先の問題に気づくことができます。

上記の問題とは別に、さらにファイル破損を想定して、編集前にファイルをコピーし、常にコピーしたファイルで編集することをお勧めします。
私の場合、重要なファイルをコピーするタイミングとして、編集した日から一日以上経過した場合にコピーするようにしています。

例) sample(2004 06 24 Ver10.03).ai

この例では、ファイル名は「sample」で同じですが、日付を 24 にした名前でコピーしています。
さらにファイルのバージョンは 10.03 にしていることから illustrator のバージョンと一致している場合、編集しても問題がないことがわかります。