画面がとでしまいました！

使用OSを書きましょう。
WinとMacでは対処法が違います。

MacならランチャーのIllustratorをクリック、またはファインダーからでも選択できると思います。

すっごいアホな事を伺いますが、Illustrator自体は全画面で表示していますか？
まさかとは思いますが、もしかして任意サイズでプログラムを起動してたりして？（ご存知の事でこんな事を確認し、失礼にあたったらごめんなさい。）

任意のサイズでプログラムを起動中で、ウィンドウサイズがスクリーン高さよりある程度短い場合、ウィンドウ自体が移動可能なので、フルスクリーンで見ている時に見えている情報が収まりきらない事がありますよね（スクロールやウィンドウを移動すれば見えますが）。
で、この様な状態で、作業中の文書が最小化されたりすると、その隠れている部分に作業中の文書が置いてありませんでしょうか？

「ショートカットも有効」ということは、障れる状態なのでしょうから、一旦保存してIllustratorも終了して再度立ち上げてみては如何でしょうか？（念のため。Ctrl+Shift+S）

ちなみに当方win故、ショートカットなどの記述がmacにも通用するかはわかりかねますが。