Photoshopの4.0と5.5で、（新規）書類の解像度が違っていませんか。
解像度が高い場合、画面上では大きく表示されますが………。

亭主さん、さっそくのご返答有り難うございます。
解像度は4.0も5.5も同じです（350pixels/inch）。確認した上で再度やってみましたが、ダメでした…。
しかも、イラストレーター5.5で作成した単純な四角のオブジェクトをフォトショップ5.5にペーストすると「Adobe Mustrator:1つのレイヤー内に1つのオブジェクト」というメッセージ付きのマークが表示されてしまします。イラストレーター9.0.2で作った四角はフォトショップ5.5にペースト出来るのですが、やはり縮小されてしまう…う～ん、困った…。（@o@；）

詳しい理由、解決法は見つけられてないのですが…。
コピー元Illustratorのアイテムの大きさが
コピー先Photoshopファイルの出力サイズよりも大きいとき
そこに収まるように、縮小してコピーされますね。
（設定等で避けられるのかもしれないですが…）
出力サイズ大きめの新規ファイル（Photoshop）を作って、
そこを介して2段階でドラッグ＆ドロップすると
サイズを変えずにコピーできます。

猿飛さん、おっしゃるとおりやってみましたが、出来ませんでした（泣）
Illustrator9で作った10cmの四角をPhotoshop5.5（新規で作った11cm角の書類。出力サイズは通常A4のところを、あえてA3に指定）にドラッグ＆ドロップしてみましたが…やっぱりちっちゃい。8cmぐらいになります。でも猿飛さんのおっしゃる「2段階で」というところが良くわかりません（スミマセン）。
Illustrator5.5からPhotoshop4.0には、何も考えなくても出来てただけに、この不具合にかなりとまどっています。このままでは、私はずぅ～っと昔のバージョンのアプリでしか作業が出来ないかもしれない…と思うとツラいものがあります（T＿T）

画面表示（画面左下）はどうなっていますか。
Illustrator.9.0、Photoshop5.5で再現して見ましたが、350ppiでは、Photoshop側の画面表示が20パーセント位の時、ほぼIllustrator側と同じサイズに表示されました。

つまり実際の10センチ、350ppiの四角を、72dpi画面で100パーセント表示すると、非常に巨大に表示される訳です。
そこで、モニタに会わせてある程度調整された表示サイズで書類が開かれます。
IllustratorとPhotoshop両方の表示サイズを確認してみて下さい。

しかしこれはあくまでも画面表示の問題であって、プリントアウトなどには差し支えない問題です。
作業しやすいサイズに設定しておけば良いと思いますが。

外していたらゴメンナサイ。