イラストレーター10です

配置するときの
　リンク　にチエックが入っていますか？
これをチエックしてみてください。

http://Illustrator-ok.com/bbs_log/faq/contennts/faq_convert_1.htm#link

こちらにも、取りあえずのまとめと関連ログを掲載しています。

>配置するときの
>リンク　にチエックが入っていますか？

例えばTIFFファイルをリンクで配置した後、aiにしろepsにしろ
画像を含めて保存すると再度開く時に、リンクが埋め込みになってしまいますね。

少し違いますが、
以前、クライアントからAI9のデータでドキュメントがCMYK、
リンクしてある画像はRGBというものがありました。
画像を含めて保存していないので、こちらでファイルを開くと
こちらのCMYK設定で（AIが勝手にw）変換してしまい「色が違う」と
クレームを戴いた事がありました。