わたしもこういう状況に直面したことがあります。
せっかくエクセルできれいに作ったグラフをイラストレ－タでよりきれいにしてくれといわれたのです。
結論からいうと、私にもはっきりとはわかりません。
私が試した方法は、
1.エクセルで図としてコピーしたものをフォトショップに貼り付け、画像として保存。
-->できたけどたいしてきれいではなかった
2.エクセルで図としてコピーしたものをイラストレータで貼り付け、黒くなった部分に再度スォッチ適用
-->きれいになったけど余分な線などが以外に多く手間がかかる
3.エクセルからデータのみコピーしてイラレ側でグラフツールを使用して新規にグラフ作成
-->とてもきれいにしあがるが、そのままスウォッチを適用するとどうもエラーが多発する？らしい
---このため、グラフオブジェクトとして作成したものは別ファイルとして保存し、
---そこからコピーしてきたものをグループ解除して普通のオブジェクトにしたものにスウォッチ適用。

試行錯誤の末、3が一番美しくしあがりました。
どれをとるかは、時間と仕上がり状態との相談になるとおもいます。