これはIllustratorと言うよりプリンタの設定の問題だとは思いますが、
CS以前のバージョンでは問題なく出来ていたのですか？

私のプリンタはキャノンなので、エプソンについては承知していませんが、Canon PIXUS 9900iの場合、B判ではフチ無し印刷が、そもそも出来ません。
そう言う問題とは違いますか？

前のバージョンでは出来ていました。
CSのプリント設定にA4フチなしがありません。

ＸＰでＣＳを使ってる初心者です。プリンタも3700ですので、あれ確か9.02ではふちなしが出来たはず　と思ってＣＳで印刷してみたらなるほど、一回目は出来ませんでした。その後、3700ｃのプリンタの詳細設定およびＣＳのプリンタ設定のところをいじっているうち出来るようになりました。ちなみにそのあと又カスタムにしたり拡大縮小のチェックをかまったり色々しているうちに又元に戻ってしまいました。が、また設定を色々いじるうち直ったというような全然あてにならない回答ですみません。
ただ、間違いなくフチなし印刷は出来ますので色々お試しください。