Illustratorの.aiデータからPDFについて

PDF書き出しのメニューで、
“一般”となっているところはプルダウンメニューで、
そこに、“圧縮”が隠れています。

圧縮メニューの該当項目（カラー画像・グレースケール画像・白黒画像）の
ダウンサンプルを、大きな値にしてください。
配置してあるPSDと同じ解像度にすれば、リサンプルされません。

追加情報として、カラー画像とグレースケール画像は、
圧縮で必ずJPEGを選んでください。
クソバグのため、自動は正しく動作しません。
そしてさらに加えて、ファイルサイズを小さくしたいほど
画質を高く設定してください。
クソ仕様ミスのため、圧縮率に対する画質の高低が逆になっています。
綺麗な画像にしたいほど、画質は低を選ぶということです。

これで、もういちど保存してみてください。

>私は、Illustrator（ai）を一旦（eps)でリンク画像は埋込みにして保存してから、再度その（eps)を（pdf）で保存するというやり方をしています。

その必要はありませんよ。
aiファイルでリンク状態のまま、別名保存でPDF保存ができます。

おじいさん様
丁寧な説明、ありがとうございます。
早速、試してみたところ以前よりかなり綺麗になりました！
一人で悩んでいたので、本当に助かりました！！