MACからWINへの入稿のしかた

最近MACからWINに乗り換えましたが、データの互換がうまくできません。

ＭＡＣのIllustrator9.0か8.0で製作した内容（イラストレータ形式は.ai　配置画像はフォトショップで製作した.eps画像をリンクして配置している）

をＷＩＮにわたすとＭＡＣではリンクして見えていたフォトショップで製作した.eps画像が見えないのです。
互換性がないのでしょうか？

仕事上、フォトショップ画像の色合いを調整する必要があるので、画像の埋め込みは使用できません。
ＷＩＮではepsはすべてIllustratorに関連させられるようなのでその影響でしょうか？
MACではIllustratorのepsとフォトショップのepsは別個に関連していたのですが・・・WINですと関連がIllustratorのみになるようです。

なにか解決策はあるのでしょうか？
どなたか助けてください。お願いします。