pdfファイルをイラレで開く

なぜPDFで入稿されたのか、PDFに変換される前のデータは何で作られているのか（バージョンも含めて）、置き換えたデータを出力して確認しなかったのか、
あなたの行動自体に納得いかない点が多すぎますが。

イラストレーターはPDFを開いて編集するようにはできていません。
また（印刷用途の）PDFは本来そのまま後工程に回さなくてはいけません。

えと、状況が良く分からないのですが、

１．入稿してきたPDFを別名保存でai形式にしたものを、MOに入れて製版屋に渡そうとした。
２．そのとき、MO内のaiファイルをローカルのai形式のファイルで上書きして製版屋に渡した。

ということでしょうか？
だとすると問題は
１．PDFのバージョンを確認せずにIllustrator8.0で開いた。
２．しかもそのPDFを勝手にai形式に変換した。
の2点だと思います。もしPDFのバージョンがIll.8.0で開けるものだったとしても、それを別の形式で再保存したら、結果が変わる可能性があることは容易に想像できると思いますが…。
PDFを開いて中身を確認するにしても、普通はAcrobatを使うでしょうし、でなくても、開いた後は再保存などせずに、元のPDFをそのままドラッグコピーするではないでしょうか。だって、開いたときにうっかりどこか触ってデータが変わってたりしたら、怖いじゃないですか(^^;)。
自戒も込めて言うのですが、ミスは起こさないのが一番ですが、起こしてしまったものは教訓として受け止め、二度はないようにしましょう。ついでに後輩に面白おかしく話せる失敗談ができたと考えれば、一つならず二つ得した気持ちにもなれるかもしれません(^^;)。