張り込みデータが勝手に埋め込まれる。

保存の際に画像の形式がTIFFだと埋め込みになるんじゃなかったかと…（ちょっと自信ないですが…）

＞埋め込みデータのまま入稿しても解像度などに問題はないのでようか。

これは印刷会社によって違うので入稿先に確認したほうがいいでしょう。
私の会社は基本的に配置でしか受け付けしないことになってます。例外はありますけどね。

保存形式はEPSでプレビューはMacintosh(8bit/pixel)
エンコーディングはJPEG-最高画質（低圧縮率）です。