罫線が一部、というのはどの程度ですか？
ドブの3mm分がはみ出しているだけではなく？

マスターページに引いてある罫線の長さの7割ぐらいの長さです。

まず確認することと言えば、
ゲラを出す作業が「Canon PIXUS 9100i」で
最終納品がPDFなんて場合だとワークフロー
が破綻しています。

で、本題ですが。
見開き構成だと反対側のページのオブジェクトが
裁ち落としの領域分ノド側にはみ出します。
いき様が書かれているドブ３ミリというのがコレです。

長さが７割（正確な数値は？）となると、
見開き（Ｂ５だと182ミリ＋ドブ３ミリ×２ページ分で370ミリ）
の長さの線をノドを通るように置いている状況だと推測されます。
見開きにそれぞれ違う設定のマスターを当てるとなると
必然的に通しで置いた線が反対側のページに出ることになります。
これを回避するためには
１．マスターページの作り方を工夫する
　線を見開きで２つ（ノドの所で切る）
２．見開きに設定されているスプレッドを分割して
　単ページのように見える設定にする
です。
２の設定方法は複雑なので文章で伝わるか心配ですが…
スプレッドの分割ができるようにページパレットの
オプションボタン（右向きの三角のボタン）で
「ページを移動許可」のチェックを外します。
この場合だとＢマスターのページを選択して
右方向へドロップするとスプレッドが分割されます。
この状態で印刷してみてください。
ただし見開き印刷は出来なくなってしまいます。
（単ページでゲラを出していると仮定しています。）

ありがとうございます。
PIXUS 9100iは社内でゲラを出すために使用しており、その後印刷屋さんでゲラを出してもらっています。

1.の「線を見開きで2つ（ノドの所で切る）ですが、
すでにそのような仕様になっています。
2.については、よくわかりませんでした。（それと、やはり見開き印刷できないとちょっときついので…）

アドバイスいただき、ありがとうございました。

＞やはり見開き印刷できないとちょっときついので…

左ページにAマスター、右ページにBマスターのアイテムを配置した新しいマスターを作成し、当該スプレッドに適用してみてください。

＊追記＊
良い方法でないことは承知の上ですが。

ありがとうございます。
それでもいいと思いますが、右頁だけに罫線、左頁だけに罫線という
マスターページを罫線位置が1/2と1/3の場合でそれぞれ作るという
方法で今、考えています。

＞右頁だけに罫線、左頁だけに罫線というマスターページ

見開きマスターを作成する以上、当該スプレッド以前に奇数枚のページを挿入した場合にイヤなことになってしまうという意味では私の提案と同じですよね。
それならいっそ単ページマスターをつくり、マスターの名前を「左1/2」「右1/3」などとダイレクトな名前にしてしまうのはいかがですか？

＃もちろんこれも良い提案だなどとは思っておりませんが（＾＾；

単ページマスターと言うんですね。
勉強になりました。
もう少し試行錯誤してみます。
ありがとうございました。

>単ページマスターと言うんですね。

ああ、ごめんなさい。そんな用語はありません。
見開きマスターに対してわかりやすく表現しようと思いまして。
単なる造語です、忘れてください。

でもわかりやすかったですよ^^
マスターページ設定で「ページ数」を「1」にすると、できました。
こういう使い方は知らなかったのでとても参考になりました。
ありがとうございます。