ブック全体のパッケージとダブリについて

はじめまして。作業環境は、WindowsXPSP2、IndesignCS2(4.0.4)です。
通常、「パッケージ→印刷用ブック」で、リンクの複製とコピーをチェックして行った場合、同じファイル名で別のリンクなどがあると、末尾に「画像A1、画像A2…」といった具合に連番が振られて収集されると思います。
ところが、ブックからパッケージをすると、同じデータにリンクしてあるはずなのに、なぜか「画像1」の付いた画像がいくつかできてしまうことがあります。もちろん、中身は「画像A」「画像A1」とも全く同じです。
もしかしたら、ブック内のファイル間で別のリンクをさせてしまっているのかも？と思い、その「画像A1」と付いたものを削除してリンクを張り直し、再度ブックのパッケージをかけてみたところ、今度は「画像A1」は出てこず、別の「画像B1」「画像C1」といった、以前はなかったはずの重複ファイルが出てきてしまいます。
一度リンク複製ありでパッケージをかけてあるのに、なぜこういったことが起こるのでしょうか。
ファイル単位でパッケージすればいいかもしれませんが、そうするとブックを使うときにまた1つのフォルダに集めねばならないので、少々厄介です。

よろしくお願いいたします。