Acrobat Distillerを使えば可能です。

＞直接プリンターのRIPに投げると、用紙サイズ不良ではじかれてしまうのです。

DocuColor 1255 + PrintServer とかなら、DropPrint とい
うユーティリティがついていて、そこから PDF を投げると
用紙指定ができるはずです。

PDF ワークフローを馬鹿正直に実践するには、アドビ製の
ソフトだけでは用が足りず、機材ベンダ提供のソフトの支
援が無いと立ちゆかない部分があって、見通しが悪くなって
いますよね。

> 用紙サイズ（ドキュメントサイズ）を指定して書き出せないのでしようか？

データ書き出しからではなくプリントから作成すれば出来ると思うのですが。
Acrobatを使用しないで、ということなのでしょうか？

CLさん、ｍ_ogawaさん、．さん。ありがとうございました。
少々言葉足らずで申し訳ありませんでした。
アプリからPS書き出して、Distillerで作成する工程は現在実施していますが、どうしてもレスポンスが悪く効率よい方法を探していたのです。
これから先、新しいRIPにはAPPEが搭載されPDFを取り巻く環境も変わっていくだろうと考えています。
より安全に確実にPDFを出力するためにCS以降のアプリなら直接PDFを書き出す方が安全と判断したためで、その際プリンタでのカンプ出力の際に用紙サイズの設定ができないため問題となっています。CLさんのおっしゃるとおりでAdobeと各ベンダーさんがもっと協力して、我々ユーザーにもっとOPENな情報を提供していただきたいものです。
また引き続き、情報をよろしくお願いいたします。

ふたつほど疑問に思ったので

> Distillerで作成する工程は現在実施していますが、どうしてもレスポンスが悪く

Windows版の私の所では変換にかかる時間の合計はそれほど差が出ないのですが
（データサイズが大きい場合はむしろDistiller経由の方が早い）Mac版では遅く
なってしまうのでしょうか。
操作性についてもプリセットや監視フォルダを活用すればたいして変わらない
ような気がします。

> より安全に確実にPDFを出力するためにCS以降のアプリなら直接PDFを書き出す方が安全と判断したため

もし差し支えなければその理由を聞きたいです。
というのは私の所では直接書き出しでは不具合が出る場合でもDistillerを使う
ことで不具合を回避できることが多く、Distillerを上位に考えているからです。
また、たとえば墨1色の案件でデータ作成の不備で4色版を出してしまわないような
手順にしたい時には直接書き出しでは難しいと思います。
（InDesignのPDF直接書き出しの制限は製品の差別化を図るためだと考えているので
将来のバージョンでも制限は解消されないと予測しています。）
直接書き出しの方が安全に運用出来る場合があるなら知っておきたいです。

単純に手順を簡略化して操作ミスが出る可能性を減らしたい、ということなら
プリセットなどを活用した方がいいように思えます。

Adobeのユーザーフォーラムに印刷可能領域を広げては？という書き込みもありました。（ちょっと強引な気もするが（^^;）

Adobe Japan User to User forums - PDF書き出しについて
http://forums.adobe.co.jp/cgi-bin/WebX?13@@.3c883f11/2
"ドキュメント設定で「印刷可能領域」を設定してみてどうでしょうか？ "


＞InDesignのPDF直接書き出しの制限は製品の差別化を図るため

というかInDesignなどのアプリの描画がPDFを基準に作らない限り永遠に「変換」というエラーの温床は残り続けるので、差別化とかそれ以前の問題です。

＃APPE出ればOKとかそういうヌルイ問題ではない。


でもまぁ直接書き出し便利ですよ。
自分も冊子作ってて、トリムボックス情報が入ったPDFをTrueFlowに投げたら、自動的にサイズ判定とかしてくれるし。（＜そういう設定にしてあるという言い方が正しいけど）