OSXからはWindowsと同じで拡張子によって各アプリに関連づけられています。
＞できれば拡張子は取ってしまいたいのです。
それは不可能ですが、隠すことは可能です。
http://hwb.ecc.u-tokyo.ac.jp/current/4857422FA5D5A5A1A5A4A5EBA5B7A5B9A5C6A5E02FA4A4A4EDA4A4A4EDA4CAA5D5A5A1A5A4A5EB2F4D6163204F532058A4C8B3C8C4A5BBD2.html

2007/04/03 P.M.2:05 追記：
東京大学「はいぱーワークブックプロジェクト」さんの記述がわかりやすかったので上記リンクを張りました。
http://hwb.ecc.u-tokyo.ac.jp/current/485742.html

いきさんの補足...

えーっと、漢字Talk～Mac OS 9をつかっていらっしゃった方には、拡張子はなじみが薄いかもしれませんね。
けれど、現在のようにネットワークでデータのやりとりをするようになると、Macだけで仕事が完結しないことがあります。制作会社ではMacでも印刷会社はWindowsかもしれません。windowsにはクリエータとかファイルタイプってリソースがないので、拡張子がないとなんのファイルだかわからない可能性もあります。たとえばこんなとき、
hogehoge.indd
fugafuga.pdf
って拡張子が付いていたら、「あ、hogehoge.inddはInDesignのファイルだ。fugafuga.pdfはPDFなんだね」とわかりますよね。
おそらく、あこあこさんがお考えになっている以上に拡張子は重要です。

いきさん
>OSXからはWindowsと同じで拡張子によって各アプリに関連づけられています。
これはちょっと違うかも。
OS Xでも、旧MacOS同様ファイルタイプとクリエータがあります。
アプリとの関連付けはそれでやっていると思います。
ですので、拡張子がなくても問題がないものもあります。
ただ、やはりOS Xでは拡張子をつけたほうがいいのは
そのとおりだと思います。

あこあこさん
それと拡張子程度のものが邪魔になるほど、ファイル名の長くするのは
いただけません。
自分のファイルがどういう経路を通って印刷されるかを
知らないということはままあります。
ですので、外部でのファイル管理のことも考えて、
ファイル名はできるだけ簡潔につけるべきです。

> ですので、拡張子がなくても問題がないものもあります。
なるほど。ご指摘ありがとうございます。

>OS Xでも、旧MacOS同様ファイルタイプとクリエータがあります。
>アプリとの関連付けはそれでやっていると思います。

現在でも、ファイルタイプとクリエータがあることはありますが、
それですべてを判定しているわけではありません。
また、いつなくならないとも限りません。あくまでもAppleの仕様なので。
さらに、すべてのアプリケーションがファイルタイプとクリエータだけを手がかりにしているわけではないです。
現在では、「拡張子をつけたほうがいい」というよりも必須と言えると思っています。

OS9以下の環境では，拡張子が表示されず，アプリを判断することに困ることがあります。
特に，IllustratorをInDesignに配置する場合，aiかepsかで扱いが変わってきます。拡張子がないと，データチェックのため，一行程増えてしまいます。

たくさんの解答ありがとうございました。
いろんな意見があって、自分なりにまとめるのが大変だったのですが、
少し説明不足の部分もあったようなので、いまさらですが補足します。

ファイル名を短くしたい理由のひとつとして、出力環境の問題なのですが、
InDesignからPSファイルを書き、そのPSファイルをPDFに書き換えるという工程を踏むため、
その都度拡張子がファイル名として扱われ、どんどん長い名前になってしまうため、
せめて最初だけでも短くしておきたいとおもったのです。
作ったデータは、社外に出すことはほぼないので、
他の環境で使用することは考えなくてもいいかと思っています。

ちなみに拡張子を取った場合、「他のアプリケーションで開かれてしまうことがあります」といった
警告が出てきますが、いまのところ私の環境では問題なく、
正しいアプリケーションを認識してくれているようです。
アイコンも変わることなく元のままです。

以下の条件でみなさんの意見を踏まえると、拡張子を取ってしまっても
正しいアプリケーションで開かれていれば特に問題はないと判断しました。
ただし、今後Apple仕様が変わって、この方法では対応できなくなる場合が考えられ、
将来的には拡張子必須な環境になれば、拡張子を取った場合、
今後リスクになる可能性を理解しました。

参考になるたくさんのご意見ありがとうございました。

私はWindowsで作業していますので、
外しているかも知れませんが、
拡張子がその都度付加されるというのが
問題なら最終データのファイルに正規表現で整形できる
リネームツールを使うのが良いと思いました。

私が使わせて頂いているのは「Flexible Renamer」という
リネームツールですが、最終の拡張子だけ残して、
その前に付いている拡張子はトルツメなんて場合、
上記リネームツールだと下記の表現で外せます。
--------------------------------
検索　(.[^\.]+)(\..*){1,1}\..+$
置換　\1\e
--------------------------------
このツールで上記のパターンマッチングだと
バッティングするファイルが出てきますが、
重複した部分で連番をつけるか、上書きするかの
アラートが表示されますので、大変重宝してます。

Macにも有用なツールがあると思いますが、
これ以上はMacに詳しい方にお願いするとします。