私もVer2から使っていますが、これまで自分でカスタマイズしたキーボードショートカットセットしか使ってなかったので気がつきませんでした。
CSでセット内容を表示すると、QuarkXPress用は確かにQuarkXPress風のショートカットになっている。
CS2に最初から用意されているセットがおかしいようですね。
http://oshiete1.goo.ne.jp/qa2777683.html

ありがとうございます。参考になりました。ところでVer.2やCSからショートカット設定を読み込むような機能はないのでしょうか？　それともやはりすべて割り当て直すしかないのでしょうか？

アプリケーションのフォルダ/Presets/InDesign Shortcut Sets以下にショートカット関係のファイルが格納されていて、オリジナルの設定はテキストエディタで編集できるようになっています。

過去バージョンとは機能差があるのでそのまま流用というわけにはいかないと思いますが、エディタで開いて必要な部分を編集すれば、InDesign上で登録しなおすよりも短時間で同じショートカットを登録できるかと思います。

とりあえずCSで設定したショートカットが使えました。多少の再設定で済みそうです。非常に助かります。ありがとうございました。