フレームを重ねているのですか？

とりあえず、フレームグリッドではなく、テキストフレーム使用時に、段落パレットのパレットメニュー「グリッド揃え」が「なし」以外になっていると、テキストはベースライングリッド、もしくはカスタムベースライングリッドに揃います。