弊社では最近まで、オペレータが背厚と表1・表4を並べてトンボ付で出力データを作成していました。
しかし現在は、表1・表4はトンボなし、背は規格用紙サイズの中央に配置して出力し、出力部門で面付けをするワークフローに変更しました。
したがって、出力先次第です。

私のところでは、
表4・背・表1を並べ、
背幅の折線を裁ち落とし領域に描いて、トンボ付きで出しています。

補足です。
今後の対応は流動的ですが、絵柄などが表1・背・表4にまたがるデザインの場合はkikiさんと同様です。

上製本ならば背幅以外にチリなども考慮しなければいけないので、イラストレータでの作業が適しているのではないでしょうか。
また、中綴じであっても表紙は本文とは別紙を使う事（あるいはPP貼り等）が多いですから、ファイルも分けて作る方が出力側はやり易いと思います。
ただし、イラストレータを使って下さいという意味ではありません。インデザインで作っても何も問題はありません。
余談ですが、表2-3の背幅部分（糊が付く部分）にはインクが乗らないようにするのが通例です。製本屋さんによっては文句を言われます。

みなさん、ありがとうございました。
大変参考になりました。

ところで、質問なのですが、
トンボ付で出しているというのはどういう意味なのでしょうか？
プリントの設定でトンボのチェックをいれているという
解釈でＯＫでしょうか？

>プリントの設定でトンボのチェックをいれているという
>解釈でＯＫでしょうか？

いえ、その解釈では不十分です。
通常、背厚は出力直前まで流動的な場合が多いので、大抵は大きめの用紙を用意しておき、裁ちトンボも折りトンボも線ツールで描画したものを出力することが多いかと思います。
（インストールCDに、オブジェクトの周囲にトンボを発生させるスクリプトが入っていますので、それを利用すればある程度時間短縮できますが）

背厚が早い段階からきっちり決まっていれば、表1・4＋背厚ぶんの大きさの用紙を設定し、裁ちトンボはプリント時の自動発生のものを使い、折りトンボは印刷領域を広げた上で線ツールで書いたものを、という選択肢もあります。

いき様のレスに補足させて頂きますが、
折りトンボは表組で作っておくと、私は
変更するときはラクになると思ってます。
もちろん別レイヤで管理しておきます。

当方の場合は、表２・３を作るとき、
表３をデータ支給されることがあるので、
なるべくInDesignで作るようにしてます。
出力先が外注の場合はIllustratorで
作れと指示が来ます。

いき様、kiki様、今山様、流星様
丁寧な説明をありがとうございました。

仕事によって、又は出力先に応じて使い分けていきたいと思います。