文字組みアキ量設定はどうなっていますか？
それを調整することで解決できるのでは。

デフォルトの行末約物半角を使用しています。
半角数字のアキ量を０％にすれば異体字にも反映されます。しかし当たり前ですが半角数字のアキもベタになってしまいます。
何か良い調整方法はありますか。

現象確認しました。
かずさんのおっしゃる通りになりますね。

ちなみに私はいくつかの仕事で数字の前後がベタになる文字組アキ量設定を使用、かつドキュメント中の算用数字を等幅半角数字に統一し、1桁のときは前後に四分アキ、2桁以上のときはベタになるよう、配置前のテキストを置換するか配置後にスクリプトを使って整形しています。
なお、ひとけた数字の前か後にカンマ・ピリオド・ハイフン・アルファベットがあれば当然ベタにしたいので、可能な限り配置前のテキストを操作するようにしています。

字取り１を掛けるとか……

ただ、字取りもベースのグリッドのサイズと文字のサイズが違う時にうまくない場合もあるので……状況によっては使えない場合もあるかと思います。

スクリプトで前後の文字をチェックして、アキ量をベタにするという方法もあります。（というか、字取り１の方が早いかなと思い始めた所ですが）

「環境設定＞組版＞文字組互換モード＞CIDベースの文字組みを使用」のチェックを外せばCSと同じ仕様になり、Unicodeだけで文字組クラスを設定しますが、それで異体字の仕様が変わっているのでは？