＞①「EPS形式の場合、すでにPS形式なので、Indesignでは解釈せずそのままPSに渡す」

PS出力の場合はそうですが、InDesignからじかにPDFを書くときは
InDesignが自力で解釈します（高画質表示と同じルーチン？）。
したがって、PS出力→DistillerによるPDFと結果が異なる場合があります。

>>匿名さん
ご返信ありがとうございます。説明不足ですみません。上記の質問内容は、いずれも【書き出し】の挙動です。
>InDesignからじかにPDFを書くときはInDesignが自力で解釈
私もこう動くと思っていましたが、検証した結果ではEPS形式はどうもスルーしているようなのです。EPSの場合でも、透明や分割をする必要がある場合は、どの方法でPDFを作成するとちゃんとIndesignで解釈しているようなのですが、効果を使ってない通常のEPSの場合、何もせずそのままPDFに書き出しているようです。一番分かりやすいのは、グリフレットフォントなどを「埋め込みなし」にしたもの、埋め込んだものを並列して書き出し、Distiller経由、でテストすると、Distiller経由のものはきちんとフォントが埋め込まれました。（書き出しはダメ）
つまり、EPSは書き出しではスルーしているのではないか、と思うのですが…。プリントから作成する場合は、Distillerが拾ってくるから補正されるのだとは思いますが、書き出しではどうもスルーしているようなのです。

>①「EPS形式の場合、すでにPS形式なので、Indesignでは解
>釈せずそのままPSに渡す」
>→基本的にPSに変換する必要が無いものとして、そのままの
>形でPSに渡す。

読み返してみたら質問の内容がめちゃくちゃでした。
PSに渡す、ではなく「PDFに渡す（もしくはPDFに取り込むといったらいいでしょうか？）」、ですね。すみません。

＞EPSの場合でも、透明や分割
＞効果を使ってない通常のEPSの場合、

EPSには透明というのはありませんが。
というか、透明を分割しないとEPSにはできないと私は理解していたのですが。

＞検証した結果ではEPS形式はどうもスルーしているようなので

では、InDesignに付属するPDFLibraryの問題でしょう。

>EPSには透明というのはありませんが。
ありますけど？

>>EPSには透明というのはありませんが。
>ありますけど？

え、そうなの？
PSやEPSには透明って概念はないから、分割・統合するもんだと思ってたけど。

> PSやEPSには透明って概念はないから、分割・統合するもんだと思ってたけど。

その通りです。
TKOZさんは勘違いしているんでしょう。

PostScript言語は透明効果をサポートしていません。EPSで保存された場合、透明部分は常に分割されます。Illustrator 9以降のEPSの場合は独自の透明効果情報が保持され、Illustrator 9以降で透明効果を復元することができます。InDesignはIllustratorやPhotoshopのネイティブ形式ファイルやPDF 1.4以上の透明効果を読み込むことはできますが、EPSからIllustrator 9以降の独自の透明効果情報を読むことはできません。InDesignでPDFを書き出す際は、EPSをスルーしているわけではなくPDF変換を行っていますが、EPSの記述の範囲内で変換しています。

すみません、質問の仕方が悪すぎたようです。。。透明はAiやPSD形式でした。どちらかというと透明というよりもフォントの埋め込みについてです。
①「EPS形式の場合、すでにPS形式なので、Indesignでは書き出しでも解釈せずそのままPDFに埋め込む」
　→基本的にPSに変換する必要が無いものとして、書き出しでもそのままの形でPDFに埋め込む。もしくはPDF Libraryがうまく機能してない？

実際にやっていただけるとお伺いしたいことがわかるかもしれません。
一応、私の環境下では、以下のような方法で結果がでます。
1.イラレで適当な文字を打ち、フォントを埋め込んだEPSで保存する。たとえば、Zapfdingbats(TT)などを使ってください。
　（自前で作成したType1フォントなどがあればそれもいいかもしれません）
2.「1」をフォントを埋め込んでいないEPSとして別名保存する。

1と2をIndesignにリンクさせます。その状態で「印刷(PSファイル作成)」「書き出し(PDFX-1)」をそれぞれ実行します。
※PSファイルはDistillerで変換しますが、PDFX-1では埋めてないEPSに対してエラー検出されますのでプレスなどを使います。
　なお、書き出しではエラーダイアログがでません。

すると、書き出したほうでは埋め込んでない「2」のEPS側で、Zapfdingbatsなどの箇所が□□になって表示されます。出力しても同じです。でも埋め込みサブセットになってます。
ちなみにDistiller経由ではちゃんと出ます。
このあたり、Distillerではちゃんとエラーが出るのに、なぜ書き出しでエラー検出できてないのかわかりません。しかもPDFは埋め込み扱いです。
とすると、indesignではEPSを再解釈してないからなのではないか？PDF変換も、スルーして単に埋めてるだけなのではないか？と思ったのです。
でもやっぱり書き出すにしてもPDF Libraryでなんらかの変換をしてないというのもおかしいですよね。単なるバグとか不具合かもしれませんが…。

それと、上記をAi形式で実行すると、書き出しもPS経由も、いずれもまったく問題なくPDFに出ます。
ですから、ネイティブ形式は、スルーせずにちゃんとindesignが中身まで解釈して（透明なども分割して）PDF（あるいはPS）にしているんじゃないかな、と思います。

InDesignとしては正しい動作（当然の動作）だと思いますけど？

すごく解りにくいんですが、もっと単純に考えた方がいいですよ。
要は、フォントを埋め込んでいないepsをInDesignに貼り、それをPDFにする。
で、「PS書き出し＆Distiller」と「PDF書き出し」での動作の違いですよね？

PDFLibはInDesignで作ったデータ部分のみフォントチェックしているだけでしょう。
Distillerは与えられたPSファイルを変換する訳ですから、貼り込みepsだろうが中身を全部なめて使用フォントを洗い出しますから。

PDFLibはフォントの乗っていない状態のPSプリンタだと思えばいいんじゃないでしょうかね。

>>みなさん
すいません、すごく長くなってしまいまして…。でもご回答ありがとうございました！なるほど。ということは特殊フォントなどを使ったEPSを多用してるときは、Distiller使ってPDF作成したほうが保険もきいて安全そうですね～。
クラには、目の前で埋め込みしてないEPSの、書き出しとDistillerの違いを目の前で実演をすることで納得してもらえました。もちろん、今後こういうことのないように、データはきちんと作成してくださいね、という冷静なお叱りをいただきましたが…。
Indesignの書き出しとPS経由のPDFの違いについては解説書にもヘルプにもあまり詳しく解説されてないので（どちらでもできます、うまく出るほうにしてください、くらいの書き方しかなく…。）なんでPDFにそんな違いが出てしまうのか、かなり手探りでした。

みなさんすごいですね。勉強になります。いったいどこからそういう情報を得られているのか…。
ただ脱帽です。

フォントを埋め込んでいないEPSは、RIPに（正しい）フォントが無い限り正しい出力が保証できません。
同じフォントのバージョン違い、、ということがありますからね。

QuarkXPressのように、EPS内のフォントまで面倒を見てくれるソフトでも、PSの記述によってはRIPでフォントが欠落します。

すなわち、AIでフォントを含めて保存することが求められます。