タイトルの件について、既知の事実でしたなら失礼します。
先日、一太郎のデータで入校したものに、B5判で20頁以上にわたって、総ルビに近い状態のものがありました。
字数でいえば、１万字以上。実は、これをエディアンに取り込むために、InDesignを使ってタグ付けしてみようと思ったのです。
一太郎2005からWord形式（2003-95）に保存して、Win版InDesignCS2（4.0.5）に取り込むまでは良かったのですが、InDesignの画面を見ると、親文字の「後ろ」に親文字が重複してコンバートされてしまいました。また、一太郎からのデータをいったんWord（2000）で開き、別名で保存し、それをInDesignに取り込むと、今度は親文字の「前」に親文字が重複するという不思議な現象が起きました。
これをタグ付（略書き）テキストに書き出すと、当然ですが下記のようになります。

(1)　一太郎から直接変換したデータを使用した場合
　　<cr:1><crstr:いんさつ>印刷<cr:><crstr:>印刷
(2)　Wordで開いて別名で保存した場合
　　印刷<cr:1><crstr:いんさつ>印刷<cr:><crstr:>

もちろん、Word上で作成したルビ文字は、親文字が重複することはありません。
Word上で、それぞれのルビをフィールドコードで見ると違いがありますが、それを修正してみても意味がないし、InDesign上で重複した親文字を削除することも、現実的ではありません。結局は、タグに書き出したデータを、エディタ（秀丸）で正規表現による置換を行い、重複している親文字を削除しました。なお、個々のアプリケーションの他のバージョンによる動きは、確認してません。

一太郎の一括ルビふり機能を使ったと思われる原稿（データ）は、一般書籍をやっている会社なら１年に必ず何回かは入校すると思われるので、InDesignに直接コンバートしてレイアウトしたい場合は、ルビの量にもよりまずが、本サイトのプラグインのリンクにもある「イッキにルビ振り　ルビコンバータ」を選択するのも、ひとつの方法かも知れませんね。
以上、報告まで。