PDFで白い線

私の会社では大量の画像が殆どEPS形式で保存されています。
IllustratorCS2ファイルをPDF保存したときに、画像に白い線が出るというバグですが、
EPS埋め込みでも線がでることがあるようです。対処法はPSDに保存しなおすしかない
のでしょうか？　
PSファイルを書き出して、デフォルト設定のDistiller 7.0にかけたところ、細く目立た
なくはなりましたが、やはりうっすらと線が出ています。いまだEPS保存をデフォルトに
しているのですが、今後EPSで続けていくメリットがあるのかどうか・・・。
IllustratorもPhotoshopもネイティブ保存にしていった方がよいのでしょうか。
結構大きな問題だと思うのですが、CS3ではあっさり解決されたりして。
画像が大量かつ他の会社と共有しているので、どうしたものかと悩んでおります。
みなさんはどうされているのでしょうか？

直接解決する話ではないと思いますが、
私の所はEPSのラスタ画像の使用は中止しました。

以下、私の所でラスタ画像のＥＰＳをネイティブのＰＳＤに変更した理由です。
●理由１：ＥＰＳはデータ量がＰＳＤに比べ大きい事
●理由２：ネイティブと比較したときのメリット（レイヤーの有無・レイアウトソフト[InDesign]で着色できる事）
●理由３：古い端末を廃棄したので、現状で互換を取る必要が無い事

Illustratorでの保存については、現状の環境に問題があってEPS運用にしています。
理由は様々ですが、フォントの埋め込み・納品仕様・出力環境などです。
大きい理由は下記の理由です。
●InDesignCSを使用しているので、PDF配置について信頼できない事

OSXのDTPにスッパリ移行したいところですが、まだOS9環境での仕事が混在している
状況では、なかなか踏み切れないことも多そうですね。たまにQXP3.3、OCFの仕事が
あったりしますし・・。
今のところPDFで出稿というのはなく、校正どまりなのでまだなんとかなりそうです。
ところでInDesignCSでのPDF配置（ai形式の配置？）が信頼できないとはどういうことなのですか？

以前、このBBSでCLさんに教えていただいたURLを貼ります。
http://blog.ddc.co.jp/mt/dtp/archives/20050721/120306.html
フチを正しくプレビューしてくれないので、事故ります。
当方、この問題を回避するためにEPSで運用しています。
でもEPSでもダメな例外があるので、そっちはAI(PDF)で
配置すると回避できるみたいな。
結局、ケースバイケースなんだけど…