補足です。
張り込んだ画像は同じ画像を
eps（jpegエンコード）
eps（バイナリエンコード）
psd
で張ってテストしてみましたが、結果は同じでした。


Adobeサポートの
InDesign 1.0/2.0 から画像を印刷すると Photoshop 7.0 から印刷するよりも暗くなる
http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?222579+002

このページを見るとPhotoshopの設定を暗い方に合わせるように載っていました。
これではやりたいことの逆なんですよね。
CS2だとまた違うのかもしれませんが。

>これではやりたいことの逆なんですよね。

　それより前に、まず何が正しい色に近いかを確認するべきでは？
　いくらPhotoshopでの色が気に入っていても、印刷時の色でないなら、無意味どころかトラブルの元ですから。

匿名さま

返信ありがとうございます。

すみません、大事なことを書き忘れていました。
今回の仕事は枚数が少なく、社内の前述のプリンタで100～200枚出力する仕事です。
（印刷会社に渡す仕事ではありません）

実際の品物（お菓子です）も手元にあり、photoshopの出力結果のほうが実物に近いです。

indesignもphotoshopも最新バージョンなのも確認しました。

4月頃マシン自体がトラブルを起こし、OSからアプリケーションから入れ直しまして、
それ以来初めてindesignを使うことになりました。
この一連の再インストール時に何か起こったのかも…？

画像のカラーモードはRGBですか？CMYKですか？
不要なカラー変換がかかっているようです。

pi&puさま

返信ありがとうございます。
画像は全てCMYKです。

Indesignのプリントの設定の「色分解」は「コンポジットCMYK」にしています。
「グラフィック」は「解像度：サブサンプリングを最適化する」、
PostScriptレベル：レベル3
データ形式：バイナリ
にしています。
カラーマネージメントは「ドキュメント」にチェック、
オプションのカラーの処理：「Indesignでカラーを決定」
と「PostscriptRプリンタでカラーを決定」の両方で試しましたが、
結果はかわりませんでした。

>実際の品物（お菓子です）も手元にあり、photoshopの出力結果のほうが実物に近いです。

　言っていることを理解されていません。
　実物と比較しても意味がないんです。データと出力結果の関係が問題なんです。

すぐ上の匿名さま

すみません、もう少し言葉を足していただけると助かるのですが…。

つまり、最終的に出力するのはIndesignからなので、
Photoshopで色を合わせても意味がないということですかね？
実際、Photoshopで若干色を補正しました（レベル補正＆シャープネス）。
それでPhotoshopで前述のプリンターで出力テストをして、
実物のお菓子とだいたい色が合っていたので、
その画像をIndesignに張り込んでA3のチラシを作成しようとしているのですが、
Indesignの出力の調子に合わせて補正すべきだったいうことでしょうか？

アドバイスいただいたみなさま、大変ありがとうございました。
原因が判明しました。
恥ずかしくて穴にも入りたいような誤解をしておりました。

今回、新たに撮影した画像があったので、
前述の補正をかけ、Photoshopのコンタクトシートという機能を使い、
1枚の紙に何点か画像を並べて出力し、それで補正の具合を見ていたのです。

最終出力が社内のpsプリンターということもあり、
だいたいの色がわかればいいと思ったのです。

実際の画像を単独でPhotoshopから出力してみました。
…Indesignの出力結果と変わりませんでした。
コンタクトシートで出力するとこんなに色が変わるとは思っても見ませんでした。

こんな勘違いをやらかす人は他にはいないかと思いますが、
他の方の参考になればと思います。

これから、また補正をやり直します。
匿名さん、pi&puさん、申し訳ありません。ありがとうございました。

>もう少し言葉を足していただけると

原因が分かったあとでなんですが^^
こういうときは、問題点がどこにあるのかを明確にするために、

画像データが正しく再現されているのはInDesignなのかPhotoshopなのかを確認しなくてはなりません。
画像データが確実に実物を反映していれば、実物と比較しても構いませんが、話からして、これはないでしょう。

ということで、例えば、50%の平網を作って印刷し、カラーチャートと比較してどちらから出したのが正しいのか見る
という行為が必要になります。

今回、こういう手順を踏んでいれば、どちらも同じになったのですよね。
なら、実際のデータでは何か変なことをやっていないか疑うことになります。

ま、こういうことです。