CSが入っておらず、CS2とCS3が入っていたマシンに再びCSを入れる場合は、まずCS2とCS3をアンインストールしてから古い順に入れ直さなくてはなりません。
小塚については、ヤマカワさんの環境によるので適切な助言はできません。
ただし、旧小塚を使うなら新しい小塚を外した上で旧小塚を入れた方がよいかと思います。
http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?224301+002

小塚フォントについては、CS,CS2バンドルはC:\Program files\Common Files\Adobe\Fontsフォルダ、CS3バンドルはC:\Windows\Fontsフォルダにインストールされます。バージョンは違いますが、字形変更などはないので、あまり心配される必要はないかと思います。（2.0とCS時代にあったような旧小塚フォントのような問題は発生しません）jp04やnlckOpentypeフィーチャタグの変更で字形パレットで表示されるテーブルでの違いますが、これら自体、(字形が足りていない,変換が不正など）まだまだ問題があって実用されている方はあまりいないと思います。
またCS3ではStdフォントは通常ではインストールされません。（実際、あえてStdフォントを使っている人が少ないからだと思われます）

いきさま、pi&puさまアドバイスありがとうございます
小塚フォントは今度アラートがでるようになりましたね
小塚に関しては極力使用しない方向で考えています。
アプリに関しては入れ替えですか・・・・
suiteで認証とっているのにInDesignだけ入れ替え可能なんだろうか？
（これはAdobeに聞くとして）

古い順に入れると（Unicodeが書き換えられるのでCSを使用した場合は・・）
CS用に別にシステムつくった方がよかったかなと